对于肛门可以通过肛门指诊进行检查，肛门指诊方法比较简单，大约60%的直肠癌可以通过简单的肛门指诊进行检查。除了肛门指检这种简单的检查方法以外，还可以通过电子肛门镜、电子直肠镜或电子结肠镜进行检查，特别是电子结肠镜，除了观察有无病变以外，还可以进行活检，明确病变性质，因此现代电子结肠镜的普及率相当高，在诊疗环节中也占有相当重要的地位。
当然肛周疾病还可以通过彩超、CT、核磁共振进行检查，需要根据不同疾病表现的不同症状，选择不同的检查方法，比如如果是肛门疼痛，这时如果怀疑肛周脓肿或者肛瘘，一般建议用彩超或者是用核磁共振进行检查。如果以出血为主，也往往建议用电子肛门镜或者电子直肠镜、电子结肠镜进行检查，对于不同的疾病选择不同的检查方法。
