肺部真菌感染的治疗周期非常长，并且不同种类的真菌感染，治疗周期也不同，主要分为如下情况：

1、白色念珠菌：一般是二重感染，抵抗力低下的患者，比如艾滋病、肿瘤患者，可以感染原发性白色念珠菌，出现白色念珠菌肺炎。此类患者的疗程超过2周，大多数患者在4周以上可以治愈；

2、曲霉菌：对于肺部侵袭性真菌病，尤其是曲霉菌感染导致的疾病，疗程要长一些，至少是3个月，主要根据病人复查的情况决定。如果存在脑部的病变或病情比较严重，恢复不佳，可能需要一年甚至更长的时间才能治愈；

3、肺部隐球菌：肺隐球菌病的治疗疗程可以长达47个月，但对于大多数肺隐球菌病患者，单用氟康唑或者加用伊曲康唑或者伏立康唑等药物，可以在3-6个月治愈，个别患者需要一年甚至更长时间，最长可以到47个月才可治愈。但大多数患者经过12个月的治疗之后，则可以治愈。

肺部真菌感染患者停药时间主要取决于复查情况以及侵犯器官，即除肺外是否还有大脑及远处其他比较重要的部位被侵犯。如果没有，3-6个月可以停药，如果有更重要的部位被侵犯或治疗效果不佳、抵抗力低，可能需要1-2年甚至更长时间才能停药。