应该随着激光技术发展，随着手术医生、手术技的提升，激光治疗近视发生后遗症的可能性越来越低。但既然是手术，终归可能产生后遗症，目前临床上最多的是干眼症。因为激光手术在角膜用激光进行切削，不可避免会伤及神经末梢，导致术后干眼或原有干眼症状加重。
激光治疗近视后，可能发生欠矫或过矫，这是手术设计的原因，在术后可能视力镜片做得不够或大，表现为术后视力欠矫或过矫。此外在术后视力比较好，过一段时间后，有些手术会发生视力波动，甚至视力回退，也是激光治疗后可能发生的后遗症。
此外激光治疗近视还有其他问题，虽然视力很好，但可能会发生眩光、光晕等视觉质量不佳的情况。其他包括术后感染，如瓣下浑浊、黑影等现象，都有一定发生几率。但是总体而言，激光治疗近视是比较安全的手术。
