生殖器疱疹由单纯疱疹病毒感染引起，单纯疱疹病毒可以分为两个亚型，Ⅰ型和Ⅱ型。一般Ⅰ型单纯疱疹病毒主要引起生殖器以外的部位病变，Ⅱ型单纯疱疹病毒主要引起生殖器疱疹，属于性传播疾病。近年Ⅰ型单纯疱疹病毒感染生殖器部位的比例有所增加，所以Ⅰ型也可以引起生殖器部位单纯胞疹。
单纯疱疹病毒属于DNA病毒，通过直接或间接接触方式感染人体，在皮肤表面形成群集性水疱样损害。一般原发感染后病毒还会潜伏到人体外周感觉神经节内部，如潜伏在骶尾神经节躲避机体免疫系统监视，所以长期潜伏不能被清除。当机体免疫力下降时，比如发烧、感染、熬夜、酗酒、外伤、手术等情况后，患者免疫力下降，疱疹病毒有可能重新激活，从神经节到达皮肤，重新引起疱疹损害，所以生殖器疱疹属于较难根治、容易复发的病毒性性传播疾病。
