阿昔洛韦作为一种抗病毒药物，能被病毒的胸腺嘧啶核苷激酶选择性的磷酸化，从而转化为单磷酸酯，后者受细胞酶的作用再转化为二磷酸酯和三磷酸酯。阿昔洛韦的三磷酸酯可干扰DNA的聚合酶，特别是能干扰疱疹病毒的DNA酶，从而抑制病毒DNA的复制。其实白天和晚上都可以用，只不过白天使用疗效比较好。因为白天人的血液循环比晚上更快，阿昔洛韦的药物有效成分通过血液循环快速达到患处，从而达到比较好的效果。

其次白天使用也是出于安全考虑。阿昔洛韦软膏是外用药，治疗嘴角水疱疹的时候比较不方便，在晚上使用可能会无意识的舔到，对人体有一定的危害。所以阿昔洛韦软膏一般建议白天使用。