藏红花对于某些类型的痛经有一定作用。藏红花的主要作用是活血化瘀，而痛经中有一部分类型是瘀血内阻导致，患者除了痛经之外，通常还伴有月经量少或月经的颜色很深、夹杂大量瘀血块等症状，这种类型的痛经可以使用藏红花来治疗。有些痛经即便是瘀血内阻型，可能只使用藏红花这一味药，并不能达到很好的效果。
另外，有些痛经的患者可能与体寒或宫寒有密切关联，寒性的痛经单用藏红花可能起不到很好的治疗作用，临床上常见的处方是温经汤。有些患者痛经可能伴随着严重的原发性疾病，如子宫内膜异位症，子宫内膜异位症导致的痛经，有些患者可能需要手术治疗。
