头孢和阿莫西林都是治疗感染性疾病的临床常用抗菌药物，在临床应用中主要区别可以分为以下三个方面：

1、药物类别不同：阿莫西林属于青霉素类抗菌药物；头孢指的是头孢类抗菌药物。头孢类的抗菌药物根据研发时间的先后顺序还有抗菌谱的不同可以分为一代头孢、二代头孢、三代头孢、四代头孢等。头孢类抗菌药物具有抗菌谱比较广，抗菌作用比较强，同时过敏反应比较少等优点。但是需要注意，头孢类的药物在用药前后七天应该禁止饮酒，以免出现双硫仑样反应；

2、是否需要皮试不同：阿莫西林属于青霉素类抗菌药物，所以在使用前需要进行皮试，以免发生过敏；而头孢菌素因为导致的不良反应比青霉素少，尤其是过敏反应，所以在使用前不强制进行皮试；

3、抗菌谱不同：阿莫西林主要是用于肠球菌、李斯特菌等细菌引起的感染，还可以联合其它抗菌药物用于治疗幽门螺杆菌感染等；而头孢类抗菌药物抗菌谱有自己的特点，如第三代头孢中的头孢他啶可以用于治疗铜绿假单胞菌引起的感染等。

总而言之，阿莫西林和头孢菌素有各自的特长和适用的抗菌谱范围，临床选用的时候需要根据它们自身的特点、临床治疗疾病的需要来合理选用抗菌药物。