脑积水内镜手术的治疗效果较差，但因其无需放分流系统，仍有较多的患者选择脑积水的内镜治疗。其常见的并发症有出血、炎症、感染等；此外，手术操作中可能损伤颅内结构如下丘脑，将导致患者出现医源性尿崩症，可出现于手术时、术后短期内或术后的几年，患者可表现为尿频、尿多；除此之外，手术还可能影响男性患者的性功能，导致不孕不育的表现。