肛门镜检查一般不会引起肛门强烈的疼痛，有可能会出现轻微疼痛，但主要不适是异物感。因此做肛门镜检查不用过度担心，多数情况下不适感是异物感，是肛门直肠对异物的侵袭的不耐受。肛门直肠神经分布非常丰富，对异物非常敏感，但是并不会造成过多或严重的疼痛。
肛门镜的直径与硬质粗便大小差不多，所以正常肛门一定能容纳肛门镜。因为肛门镜检查出现的疼痛多数情况下由肛门本身固有疾病引起，如严重肛裂、肛门直肠周围脓肿、嵌顿痔或绞窄痔，即本身以疼痛症状为主的肛肠疾病，在做肛门镜检查时也必然出现强烈疼痛。
对于不是以疼痛为主的肛肠疾病，做肛门镜检查时绝大多数患者仅出现肛门异物感、不适感。因此，有肛肠疾病的患者不用太在乎或太顾忌肛门镜检查。对于肛肠疾病初诊患者，肛门镜检查是必须且应该做的检查。
