磁共振可以发现体内生理与生物上较早期的变化，这是其最大优势，所以磁共振对病变敏感性较高，发现病变准确率较高。训练有素的医生通过不同技术几乎百分百可发现病变。

因磁共振信号产生的理论基础较复杂，存在不同医生对信号理解不同，得出结论稍有差别的情况，此为其劣势。磁共振在医学领域应用时间相对较短，需加强临床应用经验的总结利于提高诊断准确性。