根管治疗可以分三步，包括清理牙神经、根管预备和根管填充，通常在第一步，即清理牙神经时患者可能会有疼痛。
在第一步治疗的时候，因为牵扯到要将发炎牙神经清理干净的操作，而发炎牙神经如果在没有完全坏死的情况下，清理时便会有疼痛，所以针对根管治疗第一步的疼痛，通常是在局麻药物的作用下，即打局部麻药的情况下，进行发炎牙神经的清理。
根管治疗的第二步和第三步，分别是根管预备和根管填充。而根管预备所有器械的操作均是在根管里，即操作局限在已经清除掉的发炎牙神经根管内进行，因为没有牙神经的存在，所以不会有疼痛的情况。
但如果在操作时根管治疗的器械从根尖孔穿出去，并刺伤牙根周围的软组织，也会引起疼痛。但只要在根管治疗的时候正确进行根管长度的测量，并在安全长度内进行根管治疗的根管预备，或第三步的根管充填，患者通常便不会有明显疼痛。
只有在第一步时要清理发炎的牙神经，如果有疼痛的表现，可以通过打局部麻药的方法进行缓解。
