绝大部分舌咽神经痛病人经过手术治疗之后，疼痛在手术后即可得到较好缓解，但是也有个别病人的疼痛有可能会在手术后会有延迟的情况，称为延迟治愈。
导致舌咽神经痛较为常见的原因，就是舌咽神经传导通路上，各个阶段有可能受到各种原因刺激神经之后引起疼痛，比如在神经出入脑干区血管压迫的过程。手术主要的方法就是解除通路上的压迫，如果是出入的脑干区血管压迫时，首先要解除血管压迫。
由于在做手术的过程中，血管或其他因素对神经的挤压可能较为长期，神经组织之间可能会有部分粘连，在解除压迫的过程中，不可避免的对此类神经进行骚扰，骚扰之后有可能会出现水肿。
水肿有可能本身就是神经的病变引起疼痛，因此有时部分病人舌咽神经痛手术之后，疼痛可能还会存在几天，是短期的残存。绝大部分病人的疼痛，在手术之后即可得到较好、即刻的缓解。
