人体接种脑膜炎疫苗后的常见副作用为发烧、注射局部红肿、自身免疫紊乱等，但无需过于紧张，通常发生几率较小。脑膜炎疫苗接种属于关键操作，可以预防严重脑膜炎的发生。
另外，对于脑膜炎疫苗，由于感染的病原类型有所不同，而注射的疫苗也会有所不同，例如化脓性脑膜炎，此类脑膜炎在婴幼儿时期的患病率较高且易遗留后遗症，另外还有乙型脑炎、病毒性脑炎等，均存在对应的疫苗。但乙型脑炎在临床中较为危重，通过蚊子即可传播。而病毒性脑炎较轻，如肠道病毒所致，但目前尚未普及此类疫苗。此外，对于结核杆菌引起的结核性脑膜炎，可以接种与结核杆菌对应的卡介苗，并且通常需在2岁内或婴儿期接种。
