若孕前检查发现存在囊肿，或在怀孕前未进行检查，怀孕后发现卵巢囊肿。首先需评估囊肿的大小和性状，以及对妊娠是否会出现影响。若胚胎发育较为正常，囊肿较小、性质不考虑为恶性，则观察即可，此过程中囊肿可能会增大，此时应根据囊肿增大的速度决定治疗措施。若为缓慢增大，且对妊娠以及女性身体未造成特殊影响，可以继续观察，不予干预。若囊肿增大，尤其考虑内部为液体，可以进行穿刺抽吸。
但在孕期，若囊肿压迫影响子宫或扭转造成腹痛，可能导致流产，此时孕期可以进行手术，手术有两种方式，应结合具体情况决定，可以通过腹腔镜手术，也可通过开腹手术。手术过程中需避免刺激子宫，术后应用保胎药物相对较为安全。若囊肿快速生长，且合并其他异常情况，如血流丰富或腹水等，应高度警惕肿物是否为恶性。此时需让肿瘤科医生进行综合评估，并结合胎儿情况，综合制定后续的个体化治疗方案。
