临床对于急性的脑血管疾病，比如脑室出血，蛛网膜下腔出血等，可以进行腰穿检查。另外对于颅脑的感染性疾病，如病毒性脑炎、脑膜炎或者是其他的病原体、中枢感染性疾病等，也可以进行腰穿的检查。
对于怀疑有脱髓鞘疾病，比如格林-巴利综合征，也需要进行腰穿的检查。另外，脑积水患者会通过腰穿来测定脑脊液的压力，可以判断脑积水的类型。临床上做腰穿的目的，一般有以下几个方面：
1、腰穿采取脑脊液进行化验，用于诊断疾病；
2、了解颅内压增高的情况，或者了解颅内压高低的情况；
3、脑脊液力学检查；
4、脊髓和气脑造影，主要用于治疗、引流血性脑脊液，放出脑脊液，降低颅内压，也可以鞘内注射一些药物来治疗一些炎症或肿瘤。
