根管治疗第二次和第三次是否疼痛，要根据患者的牙齿实际情况、牙齿的患病情况，以及患者感受其疼痛的阈值、敏感性等综合而定。

1、第二次根管治疗：正常情况下，根管治疗的第二步多半是牙髓失活治疗，进行牙髓失活的时候，将失活剂置入患者的髓腔，甚至对于冠髓已经去除的患者，将失活剂注入相应的根管口，封闭氧化锌。在操作过程中，如果碰到神经，可能会有疼痛。在牙髓失活的过程中，由于失活剂刺激，可能会使牙髓出现短暂疼痛；

2、第三次根管治疗：第三次根管治疗多半是进行牙体的根管预备治疗，可能要将扩管锉深入根管内以及髓腔内，将牙髓取出。如果牙髓失活较完善，在取出的过程中不会出现疼痛，除非是抽出根管口后，可能会刺激其根尖软组织出现疼痛。