一般核磁共振误诊肝癌的概率比较低，一种情况就是将肝癌误诊为其他的良性肿瘤，另外一种情况就是将良性肿瘤误诊为肝癌。这几种情况在核磁共振上都比较少见，因为核磁共振平扫加增强的扫描，对肝癌的诊断比较有典型意义。除非是针对一些极少数的、确诊比较困难的肿瘤，这种情况下有可能会出现误差。所以针对诊断不明的肿瘤，建议采取肝穿刺的活检，来取得组织病理进一步确诊。另外就是直接进行手术切除，切除下来的组织、器官做检测，进一步确定其良恶性。
核磁共振针对＜1cm的肿瘤可能诊断会有所困难，这种情况下有可能需要定期密切随访，比如每半个月进行一次检查观测它的大小。如果出现增长迅速的情况，建议要尽快地手术治疗。如果增长比较缓慢，连续复查半年时间都没有明显地变化，考虑还是良性的可能性大，具体情况要具体分析。针对绝大部分的人群，核磁共振是可以明确诊断的。
