正常肛门在人体消化道末端，在肛门臀部皮肤上可以看到前后位纵裂，纵裂通向直肠出口，通常呈闭合状态，因为肛门周围有一圈肌肉，包括内括约肌、外括约肌、肛提肌、耻骨直肠肌，众多肌肉使肛管通常处于闭合状态。只有当排便时肛门括约肌才会缓慢松弛，是排便的高级协调过程。如果用力排便，而肛门周围括约肌并不松弛，此时会引起排便困难，临床上也叫出口梗阻型便秘。肌肉不协调和肌肉发生炎症以后肥厚、肿大都会给排便通道造成一定影响，肛门作用就显得非常重要。

肛门是一个很精细的器官，周围是众多肌肉，还有众多脂肪间隙。在肛管内侧存在齿状线组织，齿状线本身是胎儿在出生时肛膜破裂形成特殊标志。在齿状线以上是黏膜组织，齿状线以下是上皮组织，来源不同、结构不同，所以齿状线也构成锯齿状的线。锯齿状的线形成开口朝上的凹兜，凹兜即肛腺位置，也就是肛隐窝位置。肛隐窝是形成肛周脓肿和肛瘘的重要器官，没有肛腺的感染就不会有肛周脓肿。

肛门因为有众多的肌肉、众多功能，引起此处高发疾病，如痔疮、肛瘘、肛裂、直肠脱垂类。肛门肌肉和肛门功能与肛肠各种疾病都有密切关系，一旦肌肉不协调或者受到机械性损伤，或者受到刺激、发生痉挛，往往会引起疾病，发生松弛时也会发生直肠脱垂类脱垂性疾病。