多数情况下肾结石可以没有症状，当肾结石位于肾盂内，不形成任何梗阻时，可以没有症状。但是有部分结石，如从肾盂内进入输尿管内形成的输尿管结石，患者可能会出现疼痛症状，这种症状比较剧烈，称为肾绞痛。

肾结石最常见的两个症状是肾绞痛和血尿，还有感染发生的可能性。肾绞痛属于典型的腰内部疼痛，并向下腹部放射。此外结石活动可以引起血尿症状，尤在活动以后可以出现血尿。

在结石形成中，感染、梗阻、结石三者的关系可以互为因果，严重的感染可能造成尿脓毒血症，患者出现高热、寒战，甚至生命体征不稳定，这是威胁生命的并发问题。

当结石为两侧结石，出现梗阻可以导致肾后性肾功能不全，或者单侧肾结石形成梗阻，也会导致肾后性肾衰。

对于慢性梗阻，如孤立肾的结石形成慢性梗阻，以及双侧肾结石双侧梗阻，由于患者没有明显症状，梗阻持续进行损害，长期以后可以形成单侧肾功能损害。如果是双侧，则会出现肾后性肾功能不全，患者会出现尿毒症，需要进行相应的处理和治疗。