肺泡灌洗的细胞检查，主要是明确肺部病变是感染还是非感染性。若临床对于肺部病原体感染，无法明确其类型是真菌感染还是结核感染，可以考虑常规进行支气管镜肺泡灌洗。通过支气管肺泡灌洗培养细胞或病原菌，可以做肺泡灌洗做宏基因检测及mNGS，明确病原菌类型，再根据检查结果做进一步治疗。还可以从肺泡灌洗当中找蛋白碎片、细胞类型，即其以巨噬细胞为主，还是以淋巴细胞为主，还是以中心细胞为主，不同细胞类型可诊断不同疾病。
也可以在肺泡灌洗里查找有没有肿瘤细胞，尤其是支气管肺泡癌，可以通过做肺泡灌洗的细胞学检查有没有恶性细胞，癌性细胞。假如找到癌性细胞，可能诊断就比较明确。所以肺泡灌洗不仅可以明确诊断，还可以进一步明确病情，以及疾病的类型是是感染性还是非感染性，是良性还是恶性，再做进一步治疗。
