桥本氏甲状腺炎是在遗传和环境的因素影响下，使得免疫系统出现错误，造成桥本氏甲状腺炎。桥本氏甲状腺炎具体的发病机制并不完全清楚，但是现在知道是由于免疫系统在保护甲状腺的时候，误伤了甲状腺。

甲状腺里面有两种重要的成分，一个叫甲状腺球蛋白，一个叫甲状腺过氧化物酶。

甲状腺球蛋白和甲状腺过氧化物酶，都是甲状腺滤泡细胞所生产，甲状腺球蛋白是甲状腺激素合成的生产线，而甲状腺过氧化物酶微粒体，是让碘有机化，进一步转变为甲状腺激素。

如果免疫系统把这两种成分认为是敌人，产生自身的抗体，就会误伤甲状腺，甲状腺会出现自身免疫性的炎症，这种情况就称为桥本氏甲状腺炎。

桥本氏甲状腺炎在显微镜下观察会发现甲状腺结构被破坏，有大量的淋巴细胞浸润，因此桥本氏甲状腺炎，也称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎，是自身免疫性甲状腺炎最常见一种。

桥本氏甲状腺炎诊断以后，需要结合功能是否异常进行是否诊断的决定。如果桥本氏甲状腺炎，甲状腺功能正常，没有甲亢或甲减，需要定期观察。通常半年或1年化验1次甲状腺功能，并不需要服用药物，也不需要在饮食上特别需要注意。

桥本氏甲状腺炎，如果合并甲状腺功能亢进或者是甲状腺功能减退，使用包括抗甲状腺药物，对于甲减使用包括左甲状腺激素替代的治疗。