牙周病的病因主要是菌斑、微生物感染，牙菌斑实际上就是细菌，也包括其它寄生虫、原虫、病毒，特别是病毒，最近一些年表明，病毒在牙周病的发病机制当中，也可能发挥作用，但主要的还是细菌。
细菌感染主要以药物治疗为主，常见药物可以有全身使用药物，如抗生素，还有免疫调节的药物。抗生素可以直接杀菌，免疫调节药物有时用在重度牙周炎或侵袭性牙周炎，是指发展速度比较快的牙周炎，来增强或者调节免疫力。
另外有些局部牙周药物，如给患者洗牙或做牙周龈下刮治时，会用一些冲洗药物。做完刮治以后，会在牙周袋里面上一些药物，如派力奥，或其它局部用的抗生素，在机械性治疗的基础上，进一步杀灭细菌。还有包括给患者开的局部漱口水，都属于牙周药物治疗的范畴。
总体来讲，牙周药物治疗的意义在传统或物理机械的清除菌斑的措施基础上，进一步杀灭细菌或调节机体免疫力，主要只有这两大功能。
