肛瘘和痔疮是两个完全不同的疾病，两者在严重的方面没有可比性，但是在治疗上肛瘘治疗难度要大于痔疮。肛瘘是感染性疾病，痔疮是机体特殊反应。由于长期排便动作导致肛垫悬肌出现断裂，所以可能出现水肿、脱出、出血等情况。因为痔疮治疗现在相对比较公认的几种方法疗效都非常理想，已经形成经典治疗方式，比如外剥内扎、痔疮PPH手术、套扎手术，都能够比较容易地将痔疮进行彻底治愈。
肛瘘虽然手术方法也很多，但是每一个肛瘘和另外一个肛瘘绝对没有相同之处，所以不同肛瘘的手术难度相差非常大。另外肛瘘预后，即手术以后的恢复情况也比较慢，不能达到百分之百的理想状态。而长期不治疗的肛瘘可能发生恶变，而痔疮则绝对不会发生恶变。
