马应龙痔疮膏与马应龙痔疮栓的药物成分相似，效果亦相似，仅为剂型差异，因此其治疗的具体病种也有一定差异。马应龙痔疮栓主要应用于内痔，而马应龙痔疮膏适用于外痔。但目前马应龙痔疮膏也有单支长头类型，可以将长头塞入肛门，使痔疮膏能够挤入到直肠内，即内痔、外痔均可使用此种痔疮膏治疗，对此痔疮栓可能仅能够用于内痔治疗。

从使用方便角度而言，马应龙痔疮膏可能更适合、更方便。但具体病种的治疗效果而言，马应龙痔疮膏和马应龙痔疮栓无明显差异，即其各自针对病种的效果均较为明显。