发生胃黏膜萎缩的患者一定要查找病因，最常见病因是胃内幽门螺杆菌感染。所以如果胃镜确诊是萎缩性胃炎，患者先应检测幽门螺杆菌，如果显示幽门螺杆菌阳性，应该进行正规的根除治疗。

除了幽门螺杆菌感染以外，长期服用对胃黏膜有损伤的药物也会导致萎缩性胃炎。最常用药物是阿司匹林和骨科、风湿免疫科常用的止痛药、消炎药，如布洛芬。胃酸分泌过多也容易导致胃黏膜萎缩，此时患者应该进行抑制胃酸的治疗，但不应使用过强的抑制胃酸药物，可选用H2受体拮抗剂。如果是因胆汁反流造成胃黏膜萎缩，患者应该服用铝碳酸镁。有些胃黏膜萎缩患者可能合并其它症状，可以使用对症药物进行治疗。