普通的尿路感染和非淋菌性尿道炎，二者关键的鉴别点在于病原微生物检测。由于致病微生物不同，在临床表现以及治疗方法上，二者也不尽相同。分析如下：

1、致病菌不同：对于普通的尿路感染，其致病的病原体是普通细菌，比如常见的大肠埃希菌等。而非淋菌性尿道炎，其致病的主要病原微生物是支原体和衣原体；

2、临床表现不同：普通的尿路感染，尤其是下尿路感染，患者的主要临床表现是尿频、尿急、尿痛等排尿刺激症状，可以有下腹部的坠胀不适，也有排尿终末的肉眼血尿，一般有发热、寒战等全身症状的情况比较少见。而非淋菌性尿道炎，患者最主要的临床表现是排尿的尿道中有脓性分泌物，这种脓性分泌物通常量比较少，呈稀薄脓性，通常不会自己流出来，要挤压尿道后才会流出。也许有少数患者，可以有轻度的排尿刺激症状。对于女性患者，主要表现为妇科问题；

3、治疗方法不同：普通细菌导致的尿路感染，主要是应用抗菌素，如磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类或者头孢类抗生素。而非淋菌性尿道炎，主要的治疗药物是阿奇霉素和多西环素，也可以应用左氧氟沙星。