牙周脓肿患者吃抗菌素有一定的治疗效果，但是单纯服用抗菌素并不能够完全治愈牙周脓肿，主要还是要进行局部治疗，因为口服药物只是必要的辅助治疗，同时治疗要根据不同情况而定。患者如果出现急性牙周脓肿，治疗原则应以止痛、防止感染扩散、以及排脓引流为主。在脓液初期脓肿尚未形成之前，可清洗牙周袋，局部上药，适当时可以配合全身抗生素使用或支持疗法。
但脓液一旦形成而且局限，出现波动感时，要根据脓肿部位及表面黏膜厚度，选择从牙龈或者牙周袋表面进行及时脓液引流，切开时应该彻底冲洗脓腔，或者在局麻下进行彻底龈下清创术，再配合使用局部药物。形成慢性牙周脓肿后，进行牙周基础治疗基础上，要进行脓肿切除手术，或者牙周翻瓣手术，以彻底清除牙根上菌斑、牙石等感染，再配合抗生素的使用，才能起到较好的治疗效果。如果单纯吃抗生素治疗不了牙周脓肿，只能起到一定缓解作用。
