脑囊肿不是十分严重的疾病，因为大部分脑囊肿属于先天性囊肿，与常见的脑肿瘤概念不同。先天性脑囊肿是一些细胞残留形成，在后天缓慢增长，对周围脑组织形成推移和挤压，但不会侵犯正常的脑部结构，所以大部分脑囊肿属于良性病变，在长期观察过程中可以保持稳定。
在影像学检查时，可能会发现脑部存在囊肿，但对于大部分囊肿无需进行外科手术治疗。如果存在体积比较稳定的松果体区囊肿，虽然松果体的位置比较关键，但大部松果体区囊肿处于长期稳定的状态，不会引起症状，对于这类囊肿无需进行外科干预。还有颞极和枕大池蛛网膜囊肿等，这类囊肿也会保持稳定的状态，除非是颞极处有很大的蛛网膜囊肿挤压脑组织，引起癫痫发作时，才需考虑外科手术干预。另外，桥小脑角区的表皮样囊肿引起面部三叉神经痛等症状时，需要进行外科手术干预。而即使需要进行手术干预，大部分脑囊肿的手术治疗效果也较理想。
