病因尚未明确，与以下因素相关：

1、遗传因素：患者的一级亲属患克罗恩病的风险远高于其他人群；

2、免疫因素：该病的发病机制可能是自身免疫因素，自身产生的细胞因子可导致肠道的炎症，可能与自身肠道菌群的微生态平衡或进食的食物有关；

 总体来说，克罗恩病是在一定的遗传背景下，由于各种外在因素的刺激，从而出现肠道自身免疫功能紊乱的一种疾病。