克罗恩病的活动期不确定，可长可短，取决于病变累及的范围。如果仅仅是累及直肠，活动期可能较短，如果累及全消化道，包括上消化道、小肠甚至结肠，活动期时间可能较长。除了累及部位，还与病变严重程度有很大关系。如果肠道炎症较重，不仅局限于黏膜层，甚至出现透壁性炎症，这些情况的发生会导致活动期延长。
另外还有一些并发症的发生，如急性肠梗阻、出血、穿孔，甚至严重的腹腔感染，这种患者的活动期会明显延长。活动期对药物反应也不同，病变如果较轻，对药物反应较好，活动期会大大缩短。如果病变累及范围较广，患者对药物并不敏感，活动期会大大延长。
