肝内胆管结石的临床表现和结石的位置、大小都有很多关系，如果是单发的肝内胆管结石，有一部分患者可能会有腹胀、局部胆管感染的临床表现，但大部分患者没有任何临床表现，肝功能也不会受到任何影响，这一部分患者可以密切观察。
如果是相对多发的肝内胆管结石，明确地阻塞了肝脏部分胆管引流，这部分肝脏可能会出现胆道内感染，造成患者的发热、腹胀、肝功能异常的临床表现。局部肝脏长时间胆道不能引流，可能会造成肝脏萎缩，或肝脏明显的形态变化。这部分患者可能需要相应的手术治疗。对于多发的肝内左右叶都有的肝内胆管结石，这部分患者要进行相应的手术治疗，因为这部分患者通常有很明显的肝脏胀痛、发热、肝功能异常的临床表现。
对于这些多发的肝内胆管结石，需要进行通畅引流，甚至有时必须要切除部分肝脏同时进行治疗，以防结石明确地复发。对于肝内胆管结石的临床表现，要根据不同的部位、不同的数目，或者不同的位置进行相应地临床分析。
