一般在医院里，如果是采用有创操作，比如肌内注射、静脉注射、皮下注射、羊水穿刺等，会有疼痛感。为了保证羊水穿刺的成功，有效得到胎儿的羊水，通常是用比较细长的针头进行穿刺，而且一般不给孕妇提供麻醉，因为打麻醉也要进行穿刺。一般，经过训练的医生在操作技术上都会非常地迅速、有效，所以病人的痛感往往不是很严重，就像针扎了一下的痛感，一般人都可以接受。另外，在临床上，为了取得很好的穿刺效果，医生都要做超声定位，采用最恰当的部位进行穿刺，但是有个别人，比如肥胖的孕妇、腹皮脂肪过厚的病人，穿刺可能有困难，要使用更长的针头或者是一针不能成功，不过引起的疼痛一般人都可以接受，不必紧张和害怕。
