男性无精子症要根据病因进行针对性的治疗，梗阻性无精子症有两种治疗方法，一种为通过手术使输精管道重新建立，保持通畅，让患者后期有精子。另一种为通过附睾或睾丸穿刺来获得精子，然后做二代试管婴儿使患者生育后代。
非梗阻性无精子症的患者，首先进行病因治疗，如患者有隐睾病史，可早期进行手术治疗。如果患者有精索静脉曲张病史，可进行静脉曲张手术。通过病因治疗，部分患者可获得精子，但获得精子数目一般较少，可通过做二代试管婴儿达到生育目的。特发性无精子症患者，即无精子症原因未明，一般采取经验性的治疗，如进行相关药物治疗。生精周期约为2-3个月，一般进行3个月的药物治疗后复查精液。药物治疗包括生精的中成药、抗雌激素和改善睾丸循环的药物，药物治疗后，如果复查精液仍无精子，对于克氏征或AZFc、AZFd缺失的患者，可做睾丸显微取精，约50%-60%的患者可找到精子。如果找到精子，可做二代试管婴儿。若做睾丸显微取精找不到精子，而患者有生育的意愿，可做供精人工授精，即用精子库精子为女方做人工授精，达到生育目的。
