肾积水可引起肾功能减退，单侧肾积水会导致同侧肾脏功能逐渐消失，如果肾积水时间过长，则会造成不可逆性的肾功能损害。此时即使肾积水消除，肾功能也不能恢复到以前的状态。如果是双侧肾积水，则危害更大。如果两侧肾脏功能全部丢失，将会导致肾功能衰竭、尿毒症，最后不得不进行透析治疗，甚至是肾移植。所以如果出现肾积水，应该尽快找到原因并进行治疗。
肾积水只是一个表象，通常会隐藏其他病因，比如肾结石。结石虽然是良性疾病，但如果不及时治疗，也会导致身体功能损害，比如肾脏功能丢失，甚至可能需要将肾切除。所以及时将结石清除，才能使肾积水消失。如果是肿瘤，肾积水的危害不仅局限于肾功能丢失，肿瘤侵犯周围或造成转移会导致全身疾病，需要及时进行治疗。先天性肾积水通常是由于尿路畸形导致，发作较慢，患者的肾功能逐渐消退、丢失，需要通过重建手术进行治疗。
