肛周脓肿治疗通常需要2-4周，但对生活、工作造成影响的时间只有2周。肛周脓肿属于常见疾病，主要发生于男性，而该病并不存在治疗周期的问题。一般不做手术后有的患者肛周脓肿溃破后形成肛瘘，而很多肛瘘可能无法愈合，往往需要手术治疗。
虽然肛周脓肿可以通过手术治疗将脓放出，从而进行根治，但只限于病变比较浅的患者；如果病灶相对较深，则并不主张进行根治。此时由于脓腔本身比较大，根治时无形中会导致损伤范围较大。所以主张先将脓放出的2-3天后再进行根治手术。
另外，如果进行麻醉处理，患者需要住院2-3天；如果脓肿位置比较深，或者位置比较高，可能需要在2周左右再进行一次麻醉处理，从而去除缝线。
