无痛肠镜尽管造成的痛苦较小，但患者仍需承担一定手术风险，即麻醉药物过敏或术中操作出现穿孔、出血等情况。全麻肠镜称为无痛肠镜，接受药物麻醉便存在一定的药物过敏风险，而在应用麻药过程中，麻醉师以及手术操作者对患者情况控制较为重要。
由于传统肠镜痛苦相对较大，无痛肠镜目前较为常用，但仍有医院应用常规操作方式进行胃肠镜检查。如果患者在清醒条件下接受肠镜检查，可较大程度避免不必要的肠道穿孔。如果进行肠镜操作时，患者处于麻醉状态，并没有疼痛感，操作不当则易造成肠道穿孔。为减少穿孔以及麻醉风险，应寻找经验丰富的麻醉和肠镜医生，尽可能减少手术过程不适感以及提高手术安全性。
