针灸通常以针灸特定穴治疗疾病，所以常用穴位较少，大概100个。通常肘、膝以下穴位，称为五腧穴，包括井、荥、输、经、合等穴位使用较多，即肘关节、膝关节下方、四肢穴位常用于针灸治疗。背俞穴、募穴也使用较多，主要可用于调节脏腑，以及八脉交会穴大部分也在肘、膝关节以下。此外穴位针灸效果较明显的特定穴，在部分特殊疾病上也会经常用到，所以较多特定穴相对也较重合。
因为大部分穴位均在肘、膝关节以下，所以大部分疾病进行针灸治疗相对较安全。相对而言前胸部穴位使用较少，甚至部分穴位可能一生均不会用到，前臂部穴位使用较多，上臂部穴位使用相对较少。还有部分穴位比如头颅部分穴位，通常头针时使用较多，但许多穴位使用较少。所以虽然十四经上穴位有361个，但实际上较多穴位平时较少应用于针灸治疗。
