囊肿是囊性病变，是一组肿瘤的性状，不同部位均可以产生囊肿样病变，比如甲状腺囊肿、肝囊肿、肾囊肿、胰腺囊肿、关节囊肿等。对于囊肿的治疗，不同的部位、不同的原因及治疗的方法和药物完全不同。如果是炎症造成局部积液形成的囊肿，需要进行脓肿切开引流，配合应用抗生素控制感染，以消除脓性囊肿。
如果是实体脏器的囊肿，比如肝囊肿、肾囊肿，需要在医生的判断下进行手术，如果肿瘤较大，压迫周围的脏器，产生功能影响或局部的胀痛等临床表现，应选择手术切除。在手术切除的时候，要注意考虑囊肿复发情况，应将囊肿的囊壁大部分切除，可以有效减少复发。
