对于5mm以下的小结石，可以通过药物排石，多喝水，多活动，或者采取物理震动排石的方法。对于1.5cm以下的结石可以采取体外冲击波碎石治疗，同时配合多喝水、多活动，应用一些中药成分进行排石治疗。中药在一定程度上具有利尿排石、通淋解毒的效果，对排石很有帮助。
对一些比较大的、排石没有效果的结石，可以采取微创治疗，通过输尿管软镜或经皮肾镜进行治疗，借助于激光特殊手段将结石粉碎以后排出体外。也有通过经皮肾镜，将结石粉碎以后直接提出体外。
对于肾脏发育畸形，如输尿管连接部狭窄、肾盂口狭窄、肾盏畸形、肾盏憩室合并结石，就要通过腹腔镜或开放手术进行治疗，在治疗原发病的同时将结石取出来。每次结石取出以后要进行结石成分分析，对预防结石的复发有帮助。平时要养成多喝水、多活动的习惯，不要久坐。
