肠道功能紊乱是较笼统的概念，肠道功能紊乱首先考虑的肠易激惹综合征和功能性消化不良，一般肠道功能紊乱，多数见于功能性疾病。肠易激惹综合征，主要是由于内脏敏感性动力异常或菌群失调，同时伴随精神状态抑郁、焦虑、失眠，导致腹部不适、腹痛、腹泻，甚至大便习惯和性状改变。经过生化或影像学检测后，没有器质性疾病，可明确为肠易激惹综合征。
消化不良也是常见的致病因素，饮食不当导致产气过多，或肠道菌群失调消化酶分泌不足，导致肠道功能紊乱。功能紊乱一般表现是腹痛、大便习惯或性状改变，经过便常规、血象、生化检测，没有明确器质性疾病。一般基础治疗主要是调节肠道菌群，用益生菌调节肠道菌群和对症治疗，包括用消化酶、胃肠道黏膜保护药物，症状一般都会缓解。
