角膜穿通伤有后遗症，即形成角膜白斑、白内障，少见的会形成青光眼、增殖性玻璃体视网膜病变、玻璃体出血等。角膜穿通伤是因为角膜组织学的5层全部穿透，角膜主要的成分是角膜基质层，在外伤后，角膜基质层形成瘢痕愈合，因此角膜中央会形成白斑。角膜不管是中央还是周边部形成白斑，都会影响视力。位于周边部的角膜白斑可能会形成散光，而中央的白斑直接会遮挡光线进入眼球，表现为视力严重受损。
同时由于角膜穿通伤，眼球内的水，即房水的营养代谢障碍发生变化，性状也发生改变，与房水和泪液发生沟通，因此就影响到眼睛内晶状体的营养代谢。晶状体营养代谢发生障碍后，晶体混浊，易形成白内障。角膜穿通伤后眼球内外沟通，而由于眼表有大量细菌存在、眼球内完全无菌，则易形成眼内炎。因此角膜穿通伤，需在第一时间到急诊就诊，进行清创缝合手术。
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