囊性肾癌并不可怕，目前对于绝大多数囊性肾癌其整体预后相对较好。囊性肾癌实际只是肿瘤的表现形式呈囊性，并不是纯粹的实性，决定肿瘤预后的因素，形式只是一方面，更重要的是肿瘤分期，以及肿瘤的细胞类型。现有研究显示，对于囊性肾癌绝大多数类型是透明细胞癌，而且是相对透明的细胞癌，其整体预后比透明细胞癌要好，即囊性肾癌中细胞绝大多数的恶性程度，要低于实性透明细胞癌，如乳头状细胞癌也可能会呈囊性表现，且预后会比较差，但在人群中属于发生率较低的肿瘤，因此多数囊性肾癌，其中多数是以透明细胞癌等细胞类型为主。

针对以透明细胞为主的囊性肾癌，其预后可参考透明细胞癌。对于T1期，或对于局限于肾脏内的T2期肾细胞癌，或肾透明细胞癌，患者在接受肾部分切除，或根治性切除后，其5年生存率可以高达85%-95%。而由于绝大多数的囊性肾癌其细胞恶性程度，即肿瘤细胞的恶性程度要低于肾透明细胞癌，因此其整体预后较好。临床对于比较小的囊性肾癌，通常可采取部分切除术，而对于比较大的因为要避免囊壁破裂、肿瘤细胞的外溢，所以根治性切除也是比较好的选择。