甲状腺性突眼分为甲亢导致的突眼和甲状腺功能正常导致的突眼，因为临床上普遍认为是甲亢导致的突眼，如果突眼不严重，类似为良性突眼，大多数不需要特殊的治疗。随着甲亢的治疗，突眼就会恢复，不需要特殊干预。
如果是浸润性突眼，在突眼后方有大量的黏液组织沉积，或者自身免疫非常严重，经常可能会用激素治疗。采用激素冲击治疗，可以缓解机体的免疫组织，可能对于球后的严重水肿，机体的免疫状态，都非常有帮助，常用的是甲强龙(注射用甲泼尼龙琥珀酸钠)，冲击治疗能缓解浸润性突眼，相当于恶性突眼。
但如果浸润性突眼非常严重，或者球后有明显大量组织浸润，也可以采用球后激素注射局部治疗，避免全身使用激素出现不良反应，也可以采用外科减压术。
如果是甲状腺功能正常的突眼，需要分析突眼的原因，是肌肉肥大，还是黏液性水肿。所以，不同原因导致的突眼，临床治疗不同。
