治疗病毒性心肌炎首先应该选用的药物是干扰素，病毒性心肌炎的直接原因是病毒感染，所以抗病毒治疗是治疗病毒性心肌炎中的重要组成部分。抗病毒治疗主要适用于疾病早期，也就是急性心肌炎早期，一般抗病毒药物并不能进入细胞，但是多数的研究结果发现，病毒性心肌炎患者存在着免疫失控，所以通过调节免疫，有利于纠正免疫失控。
干扰素是一类具有高活性、多功能的蛋白质，其抗病毒和调节细胞免疫功能的作用已经被肯定，多项的研究结果还提示干扰素对于病毒感染早期的心肌细胞有明显的保护作用，可以保护细胞免受病毒的干扰和破坏。此外，良好的休息以及心肌营养药物的应用，以及高维生素、高蛋白的饮食，对于患者的恢复也有益处，所以从整个治疗过程以及研究结果来看，早期应用干扰素治疗急性病毒性心肌炎有益处。
