PET-CT在肿瘤方面诊断应用广泛，可以检查出肺癌、乳腺癌、结直肠癌，在妇科方面可以查出卵巢癌、子宫内膜癌、宫颈癌、膀胱癌，上述肿瘤代谢可以增高，都可以运用PET-CT进行诊断。而对于部分病变，比如肝细胞癌、脑部肿瘤、胃印戒细胞癌，可能PET-CT代谢不高，即不容易发现病灶，可能出现假阴性情况。此外PET-CT检查可以发现其它部位转移灶，可以从另一个方面进行诊断。

如果为肿瘤，PET-CT上表现高代谢病灶，从图片上即显示为脓点，产生脓点原因即肿瘤葡萄糖代谢比正常葡萄糖代谢高，PET-CT运用显像剂的葡萄糖类聚物，可以吸收更多葡萄糖，把肿瘤病灶显现。PET-CT是一次性检查，一次检查可以观察全身情况，不但可能发现原发病灶，还可发现其它器官转移情况，或者其它病变，比如骨头、颅内、肾上腺和其它器官的淋巴结转移灶。