从现代医学而言，目前尚无针对于肌萎缩侧索硬化的特殊治愈方法，多数干预措施都是针对症状进行的处理和管理，多学科联合模式能为患者提供更好的治疗和护理效果。在美国食品药品管理局批准肌萎缩侧索硬化的药物为利鲁唑和依达拉奉。据调查，目前多数患者在疑似或确诊后，会选择使用上述两种药物延缓病情发展。另外，辅酶Q10、维生素E、复合B族维生素、甲钴胺、神经生长因子等抗氧化和营养神经的药物也是常见的临床用药，但均未见到明显的疾病预后改善效果。
对于功能严重受到损害的晚期患者，机械通气和经皮胃造瘘术仍是必要的支持治疗手段。另外，干细胞治疗和基因干预以及多种研发的新药仍然处于研究阶段。国内的患者还可以选择采用中药的方法改善症状和延缓病情发展。
坚持以中医对疾病的诊治，在提出奇经络脉的理论指导下，已经创造出一整套完整的，以中医特色为主的治疗体系。强调从奇经论治、结合五脏分证、三焦分治的独特理论系统，采用调补奇经、扶元起痿、养荣生肌的治疗方法，结合现代医学的分子生物技术以及最新研制成果，成功地研制出治疗运动神经元病的系列制剂。
比如治疗肌肉萎缩的参芪强力胶囊；治疗记忆力下降、肢体萎软、身体困重的三黄增力散；治疗精神抑郁、肌肉跳动、紧张焦虑的枣连安神散；治疗肌肉僵直、肌颤症状的龟芍平颤散；治疗构音不清、胸闷气短、音低气怯、痰多不易咳出的芪龙益气散；治疗咀嚼无力、吞咽困难、饮食呛咳、鼓腮漏风的参赭降气散等。通过大量临床实践，创新发展的治疗方法，包括定向肌肉生长法、骶管疗法、吞咽困难的整体疗法，中药外用膏涂擦、中药塌渍、中药熏洗、蜡疗等系列治疗方法。可在延缓病情发展、提高患者生存质量、减轻患者痛苦、延长寿命等方面起到较好作用。