甲沟炎的根治不能靠药物，药物对甲沟炎控制病情有效，但是不能完全地靠药物来根治。甲沟炎的发生有病因基础，比如经常习惯性剪指甲，把指甲剪得过短，出现了指甲被甲沟的软组织包绕在一起的嵌甲形态，是形成后期甲沟炎复发和长期存在而不能缓解的重要原因。

药物只能是处理局部的炎症，包括消毒剂，或者伤口的收敛剂，以及消肿和促进伤口愈合的药物。这些药物都是针对炎症进行对症处理，但是这些药物并不能够根除引起甲沟炎的原因，尤其是慢性的嵌甲的畸形。

嵌甲的畸形，一方面需要炎症的消散，使嵌甲的严重程度得以缓解。另一方面，需要养成很好的个人习惯，比如指甲留长，避免剪短，还有不要穿过紧的夹脚的鞋子，避免长时间的剧烈的体育运动，尤其是在炎症发作期。

还有就是它的根治，需要做嵌甲的彻底的矫正。如果反复复发，可以通过手术把嵌甲、包绕指甲、足沟指甲生长出的肉芽清除，还有的需要做甲沟的成型，重塑正常的甲沟形态，这样才能够从根本上避免甲沟炎的复发，来达到甲沟炎和嵌甲的彻底矫正。