尿道感染时，根据病原微生物的不同，治疗也不同。如果是细菌感染，可以应用阿莫西林进行治疗，尿道感染可分为非特异性感染、特异性感染，非特异性感染通常是普通细菌感染，此类细菌感染可以用阿莫西林进行治疗。
特异性感染中最常见的是淋球菌性尿道炎，目前推荐的是头孢曲松、头孢克肟、喹诺酮类的左氧氟沙星。如果不能除外支原体和衣原体感染，建议加用阿奇霉素、多西环素，而阿莫西林可以作为替代方案进行治疗。如果其他药物不能使用，也可以用阿莫西林进行治疗。
非淋菌性尿道炎也就是支原体和衣原体引起的尿道炎，应用阿莫西林无效。可以用阿奇霉素、多西环素、喹诺酮类药物，如左氧氟沙星，也可以应用于非淋菌性尿道炎的治疗。
同时治疗尿道炎，还要注意多饮水、休息，避免劳累，戒除酒精、辛辣的食物。暂停性生活，处理好自己的随身衣物，性伴侣也要同时治疗。
