肺炎链球菌是临床当中常见的致病菌，可以导致多种疾病，最常见的疾病包括肺炎、支气管炎、中耳炎、脑膜炎、胸膜炎、心肌炎和败血症等。
针对肺炎链球菌引起的肺炎当中，最具有代表性的是大叶性肺炎，病人会表现为明显的咳嗽、咳痰、发热、呼吸困难等感染中毒症状。有些中耳炎或者上呼吸道感染、咽炎，也是由肺炎链球菌感染所导致。
肺炎链球菌可以侵犯胸膜导致胸膜炎，肺炎链球菌也可以导致脑膜炎，有些脑膜的感染，是由于肺炎链球菌的感染所导致。另外肺炎链球菌一旦进入到血液，也可以造成败血症、心肌炎和心内膜炎，这个临床过程则变得比较严重。肺炎链球菌对于许多抗菌素高度敏感，因此临床过程相对预后比较好。
