胆结石形成原因较多，包括胆道感染、营养不良、寄生虫及胆管的先天性发育畸形，常见于以下原因：
1、营养过剩及缺乏动物蛋白摄入：胆结石分为胆管结石和胆囊结石，胆囊结石实际上为营养过剩的表现。摄入过多的高血脂、高胆固醇食物，导致胆汁中的胆固醇过饱和，结晶析出形成结石。而胆管中的结石往往与营养不良、饮食习惯及寄生虫有较大关系，因为胆石症、胆管结石的胆石往往为胆色素性结石。而胆色素性结石在我国70-80年代，较边远的山区，发病率较高，缺乏动物蛋白摄入与胆色素性结石发病有较大关系；
2、蛔虫：蛔虫喜欢钻有空隙的器官，如乳头胆管的下端开口。钻进后蛔虫可能就死亡在胆管中，围绕其身体可形成大量结石；
3、胆总管畸形：肝内胆管结石最好发的部位为左肝管，因为左肝管为直角方式汇入肝总管，导致胆汁排空不畅。此部位也为胆石症的好发部分，因此胆石症的发生与较多因素有关，但不可确切认定某个原因一定会诱发。
